Desde 2006 estamos desarrollando un proyecto integral de investigación arqueológica del yacimiento de Munoaundi que, con una previsión a medio plazo, tiene una duración hasta el año 2.012. Dentro de este proyecto se han diseñado tres ejes principales:
• CONSERVACIÓN DEL YACIMIENTO
- Adquisición de los terrenos que ocupan el yacimiento por parte de las instituciones públicas, con el fin de otorgarle una protección más firme. Finalizado en el año 2.006.
- Tala del pinar que afecta al yacimiento. Iniciado en 2.009.
- Conservación y limpieza del recinto anual.
• 
EXCAVACIÓN ARQUEOLÓGICA
- Estudio a nivel general de todo el recinto por medio de prospecciones. Desarrollado en 2006.
- Análisis de las estructuras defensivas y de la entrada este del recinto. Puesto en marcha desde 2007.
- Localización y estudio de las viviendas y modos de vida en la parte suroeste de la terraza superior. Todavía sin realizar.
• DIVULGACIÓN
- Publicación de materiales didácticos para dar a conocer el yacimiento y su patrimonio.
- Visitas guiadas durante la excavación.
- Musealización del yacimiento, si los resultados de la excavación lo permiten.